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本系以培養基礎理論及臨床經驗兼備之醫師及高級研究人員為目標，於民國四十九年開辦，至今已有六十多年歷史。學生修業期間在校六年。課程包括了專業必修科目、基礎與臨床醫學科目及臨床的見習。
近來配合整體大環境之變化，於學習上以尊重生命為出發，加強學生醫學倫理及人文之養成。選修課程多元化的設計更考量同學學習的意願及興趣，並鼓勵學生參與專題研究，而求得學以致用的機會，以培養全人氣質的臨床醫師、臨床研究醫師及學者。
基礎醫學課程在本校教室及基礎醫學各實驗室學習；臨床教學則於本校附屬醫院修習。各基礎醫學實驗室都有標準的儀器設備，而且教室與實驗室配置完善的電化教學設備。專任教師皆有研究計劃。
本系之教育目標為培養人文素養與社會關懷、多元學習與專業技能、資訊管理與國際視野、溝通技巧與團隊合作、思辨創新與追求真理的醫學專業人才，並具備倫理判斷與服務社會、醫學知識與臨床技術、數據分析與國際合作、良好溝通與領導團隊、具備跨域整合與研究創新的核心能力。
本學系畢業生可至各公私立醫療院所擔任臨床醫師、衛生機關擔任行政主管、或從事基礎醫學研究工作；目前致力於結合基礎學科及臨床學科各相關教授成立大型研究群，發展本學院之特色，如已成立生殖醫學研究中心及其它研究群，而朝向世界級醫學大學之目標努力。